Das Jahr 3999 gehört nach irdischer Zeitrechnung zum 40. Jahrhundert.
Der Vierte Doctor und Sarah Jane Smith landen 3999 auf dem Planeten Aquatica und geraten in den Krieg zwischen drei Königreichen (War on Aquatica).
3999 finden die intergalaktischen Olympischen Spiele in Micawbers Welt statt. Die Wirrn versuchen, Medikamente mit genetischem Code zu verwenden, um sich in der Galaxie auszubreiten, der Achte Doctor kann dies verhindern (Placebo Effect).
Die SSS-Agentin Sara Kingdom verbringt im Jahr 3999 sechs Monate auf der Venus im Einsatz (The Guardian of the Solar System).