Als Dalek-Bürgerkrieg wird eine kriegerische Auseinandersetzung auf dem Planeten Skaro bezeichnet, die um das Jahr 5000 stattfindet.
Der verheerende Konflikt spielt sich zwischen den Daleks ab, die dem Dalek-Imperator treu ergeben sind, und den humanisierten Daleks, denen der Doctor den menschlichen Faktor implantiert hat.
Die Ursprünge des Dalek-Bürgerkriegs können bis ins Jahr 4000 zurückverfolgt werden, als die Daleks versuchten, mithilfe des Time Destructors in das Sonnensystem einzudringen (The Daleks' Master Plan). Das Scheitern der Invasion vereinigt mehrere galaktische Mächte, darunter auch die Erde, um auf die Bedrohung durch die Daleks zu reagieren. Im Laufe des folgenden Jahrtausends versammeln sich zahlreiche Kriegskräfte, um gegen das Dalek-Imperium in den Krieg zu ziehen und lösen den Großen Krieg aus, der die Daleks zu zerstören droht (The Evil of the Daleks).
In einem letzten Versuch, dies zu verhindern, beauftragt der Dalek-Imperator das Dalek-Konzil mit der Gefangennahme des Doctors, um ihn zu zwingen, das Geheimnis des menschlichen Faktors zu entschlüsseln. So wollen sie den Dalek-Faktor extrahieren und ihn in der Menschheitsgeschichte verbreiten, um so zu verhindern, dass der Große Krieg jemals stattfindet. Sie nehmen den Zweiten Doctor auf der Erde des Jahres 1866 gefangen und zwingen ihn, für sie zu arbeiten. Am Ende seiner Experimente implantiert der Zweite Doctor schließlich den menschlichen Faktor in eine Gruppe von Daleks, die sich dann mit dem Doctor anfreunden und die der Doctor Alpha, Beta und Omega nennt.
Als diese Daleks und der Doctor nach Skaro zurückkehren, lässt der Doctor den Dalek-Imperator glauben, er sei mit dem Dalek-Faktor infiziert. Er baut eine Vorrichtung, die alle Daleks, die dort hindurchgehen, mit dem menschlichen Faktor "infiziert". Diese Daleks beginnen, die Befehle der Dalek-Commander in Frage zu stellen. Der Krieg zwischen beiden Fraktionen bricht aus und erreicht schließlich auch den Thronsaal des Imperators.
Als der Doctor und seine Freunde Skaro schließlich verlassen, liegt die Dalek-Stadt in Trümmern und der Imperator scheint zerstört zu sein. Der Doctor ist sich sicher, dass dies das endgültige Ende der Daleks ist (The Evil of the Daleks).
Nach dem Bürgerkrieg[]
Wie sich heraus stellt, gelingt es einigen der humanisierten Daleks, von Skaro zu entkommen und auf dem Planeten Kyrol eine neue Dalek-Zivilisation zu errichten (Children of the Revolution).