Die sogenannte Hybrid-Prophezeiung stammt vom Planeten Gallifrey, ist aber auch anderen Spezies bekannt.
Alle Matrix-Vorhersagen beinhalten eine hybride Kreatur, von der angenommen wird, dass sie aus zwei Kriegerrassen stammt, über den Ruinen von Gallifrey stehen und das Netz der Zeit entwirren und eine Milliarde Herzen brechen würde, um ihr eigenes zu heilen.
Rassilon sucht nach Informationen über den Hybriden, um sein Kommen zu verhindern.
Erstmals erfährt der Zwölfte Doctor von Davros etwas über diese Prophezeiung. Davros geht davon aus, dass mit den beiden Kriegerrassen die Time Lords und die Daleks gemeint sind. Er vermutet, dass der Doctor wegen dieser Prophezeiung einst Gallifrey verließ, da er fürchtete, er selbst könnte für die Schaffung des Hybriden verantwortlich sein. (The Witch's Familiar).
Missy überredet Clara Oswald auf Skaro, sich in einem Dalek-Panzer zu verstecken. Als der Doctor letztlich den Panzer öffnet und Clara sieht meint Missy, der Freund im Feind sei der Feind im Freund. Jeder sei beides und jeder sei ein Hybride (The Witch's Familiar).
Später erweckt der Zwölfte Doctor das Wikinger-Mädchen Ashildr zu neuem Leben, indem er ihr ein Reparatur-Implantat der Mire einsetzt. Dies führt zur Unsterblichkeit Ashildrs und der Doctor stellt erst nach seiner Tat entsetzt fest, dass er damit einen Hybriden schuf, halb Mensch halb Mire (The Girl Who Died).
Bei seinem Wiedersehen mit Petronella Osgood stellt der Doctor nachdenklich fest, dass auch sie in gewisser Weise ein Hybride sei, halb Mensch halb Zygone und denkt dabei offensichtlich an die von Davros erwähnte Prophezeiung (The Zygon Inversion).
Während seiner Gefangenschaft in der Beichtscheibe, erkennt der Doctor, dass der Hybrid nicht halb Dalek sein kann, weil die Daleks so etwas nie zulassen würden. Ihm wird klar, dass er wüsste, wer oder was der Hybrid ist und dass er Angst vor diesem Wesen hat (Heaven Sent).
Am Ende der Zeit diskutieren die unsterbliche Ashildr und der Doctor darüber, ob mit dem Hybrid nicht das TARDIS-Team Zwölfter Doctor/Clara Oswald gemeint sein könnte. Da der Doctor für Clara sogar in die Zeitlinie eingreift und sie von den Toten erweckt, geht er ein zu großes Risiko ein, so dass er und Clara einsehen, dass sich ihre Wege trennen müssen, bzw. einer von beiden den anderen vergessen muss (Hell Bent).
Als weitere Möglichkeiten werden außerdem die Bad Wolf Entität, Donna Noble und River Song in Betracht gezogen (A Brief History of Time Lords).
Nachdem ein über Jahrtausende gewahrtes Geheimnis offenbar wird, könnten auch die Time Lords selbst gemeint sein. Oder zwei ihrer prominentesten Vertreter:
- Nachdem der Master seinen Heimatplaneten Gallifrey wieder findet und er hinter das Jahrtausende lang gehütete Geheimnis kommt, erfüllen sich mehrere Elemente der Prophezeiung: Der Master nimmt das Cyberium in sich auf und wird dadurch zu einer hybriden Kreatur; er zerstört Gallifrey und steht dementsprechend über den Ruinen von Gallifrey. Es gelingt ihm, sich in die Matrix zu hacken und dadurch das Netz der Zeit zu entwirren; und er tötet die Time Lords, und bricht dadurch eine Milliarde Herzen, um sein eigenes zu heilen
- Auch der Doctor selbst käme in Frage. Die Prophezeiung wäre dann Ausdruck der Furcht davor, dass der Doctor irgendwann dahinter kommt, was bzw. wer für die Entstehung der Time Lord-Zivilisation verantwortlich ist (The Timeless Children).
Bisher ist nicht bekannt, welche der Theorien letztlich zutrifft.