Eine Paradoxon-Maschine ist eine besondere Maschine, die ein bestehendes Zeitparadoxon aufrechterhalten kann.
Somit kann das Paradoxon nicht durch die Zeit selbst oder jemand anderen korrigiert werden, solange die Maschine aktiv ist. Mit einer Paradoxon-Maschine kann z.B. eine Inversion der Wirkrichtung von Zukunft und Vergangenheit existieren, die physikalisch eigentlich nicht möglich ist.
Der Master "fleddert" die TARDIS des Doctors, baut sie also um und zweckentfremdet sie komplett, um daraus eine Paradoxon-Maschine zu bauen. Mit dieser Maschine kann er eine Invasion der zukünftigen Menschen - den Toclafane - in ihrer eigenen Vergangenheit aufrechterhalten; was wegen der Wirkrichtung der Zeit eigentlich nicht möglich ist und eigentlich zur Auslöschung der zukünftigen Menschen führen müsste, würde die Paradoxon-Maschine dieses Paradox nicht aufrecht erhalten (Last of the Time Lords).