Sean Flannigan ist ein Mensch des 21. Jahrhunderts.
Der irische Ingenieur gehört im Jahr 2079 zu den Besatzungsmitgliedern der Space Station W3.
Er bewacht den Doctor und Jamie McCrimmon in der medizinischen Abteilung, als Kemel Rudkin getötet wird. Als Jamie zur Tür will, um nach Kemel zu sehen, lässt Flannigan ihn und den Doctor nicht gehen.
Später begegnet er Elton Laleham und Armand Vallance, nachdem sie von ihrer Außenmission zur Silver Carrier zurück gekehrt sind. Vallance versucht Flannigan zu töten, erschießt aber versehentlich Laleham. Flannigan gerät anschließend unter die gedankenkontrolle der Cybermen.
Er wird von der Gedankenkontrolle der Cybermen befreit, als Leo Ryan eine Metallplatte auf seinen Nacken platziert.