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Die TARDIS-Matrix ist der zentrale und wichtigste Bestandteil einer TARDIS. Die elfdimensionale Matrix ist die Seele oder das Bewusstsein einer TARDIS und steuert die gesamte Maschinerie. Ohne die Matrix kann eine TARDIS, selbst wenn sonst alle Komponenten und Ressourcen vorhanden sind, nicht funktionieren. Sie ist im gesamten Gehäuse vertreten, jedoch nimmt der (Haupt-)Kontrollraum eine besondere Stellung ein, stellt er wohl so etwas wie den direkten Zugang zu ihr da. Sie erscheint als goldene Energie.

Ebenso ist die Matrix, als Bewusstsein, für bestimmte Marotten (im Falle der TARDIS des Doctors) verantwortlich. So sorgt die Matrix dafür, dass der Doctor manchmal (vor allem früher) nicht dort landet wo er hin will, sondern dort, wo er gebraucht wird. Einer der wichtigsten Punkte auf einer Liste von Dingen, die der Doctor an seiner TARDIS bemängelt, als er endlich die Chance erhält mal mit ihr zu reden.

Die Time Lords haben eine direkte Interaktion zwischen TARDIS-Matrix und Pilot unterbunden, obwohl dies eigentlich mit dem Sprachsteuerungsmodul möglich ist. Hierbei muss aber angemerkt werden, das bei der einen Nutzung des Moduls (durch den Doctor) eher eine Art Diagnose-/Hilfsprogramm lief, während bei der anderen Nutzung tatsächlich die TARDIS mit Clara Oswald sprach; was wiederum darauf schließen lässt, dass es wohl einige Beschränkungen und Ausnahmen gibt. (Let's Kill Hitler, Hide)

Das Haus ernährt sich von TARDISen. Da die Energie der Matrix das Wesen aber zerstören würde, extrahiert es diese aus den "Körpern", den TARDIS-Gehäusen, und steckt sie in beschränkte organische Körper. Da das elfdimensionale Bewusstsein einer TARDIS zu groß und zu komplex für einen organischen dreidimensionalen Körper ist, beginnt dieser zu sterben, so dass die Matrix in ihm ausbrennt und das Haus über deren eigentlichen Körper herfallen und die Energie daraus absorbieren kann. So entgeht das Haus sowohl seiner eigenen Vernichtung, wie auch die Vernichtung seines Universums, da man eine TARDIS nicht einfach so zerstören kann (gerade wegen der Matrix).

Genau dies widerfährt auch der letzten lebenden TARDIS, als der Elfte Doctor auf einen Notruf des Korsaren reagiert. Ihre Matrix wird vom Haus extrahiert und in den Körper von Idris gesteckt. So kommt es zur ersten echten Begegnung zwischen dem Doctor und ihr und sie können das erste Mal miteinander reden und sich austauschen. Auch zeigt sich, dass sie damals aktiv an ihrem Klau beteiligt war, weil sie sich für ihn aufgeschlossen hatte.
Das die Matrix selbst im menschlichen Körper noch ihre volle Kraft besitzt und so eine Patchwork-TARDIS des Doctors zum Laufen bekommt, zeigt sie, als sie zusammen mit ihm ihren eigentlichen Körper zurückholen möchte. Auch zeigt sich, dass die Matrix selbst telephatische Fähigkeiten hat, als sie mit Rory in Kontakt tritt, um ihn in eine alte Version des Kontrollraums zu leiten. In diesen kann sie jedoch noch nicht in ihren angestammten Körper springen, dies schafft sie erst, nachdem sie in den Hauptkontrollraum teleportiert wurde. Dort zerstört sie das Haus und übernimmt wieder ihren angestammten Platz. Zuvor jedoch verabschiedet sie sich noch von "ihrem" Doctor. (The Doctor's Wife)

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