Hola DandoAntonio, bienvenido al wiki.
La mujer que aparece en The Time of the Doctor no es la madre de Clara. Su madre, Ellie Oswald, efectivamente falleció, algo que vemos en The Rings of Akhaten.
La mujer de The Time of the Doctor aparece listada como "Linda" en los créditos y según la web oficial de Doctor Who es su madrastra, aunque creo recordar que eso no se llega a aclarar en el episodio y ese tipo de información externa no siempre es fiable. Lo único que te puedo confirmar es que no es Ellie Oswald.
Respecto a su padre, nunca me había fijado en el cambio de actor, pero según parece es el mismo Dave Oswald que aparece en Akhaten. No sé muy bien el motivo de ese cambio, pero diría que debe de ser por el actor, que por algún motivo no pudo regresar o algo así y lo cambiaron por otro. No recuerdo bien sus rostros como para decir si cambiaron al actor por envejecimiento (teniendo en cuenta la edad de Clara, han pasado unas dos décadas desde esas escenas del padre hasta la fecha de The Time of the Doctor), pero yo apostaría con que es un problema de actores.